Niewątpliwie w przypadku roślin wodnych zachodzą reakcje allelopatyczne – dowiadują się o tym często akwaryści obserwując słaby wzrost niektórych gatunków roślin sadzonych obok siebie.

Z wieloletnich obserwacji właścicieli upraw roślin wodnych wynika, że rośliny wodne mogę negatywnie wpływać na wzrost innych roślin - np. gatunki z rodzaju Cryptocoryne czy Vallisneria na wzrost żabenic (Echinodorus).

Niestety wiedza na temat stosunków allelopatycznych w przypadku roślin wodnych jest fragmentaryczna, przede wszystkim ze względu na utrudnienia związane z badaniem tego zjawiska w środowisku wodnym – allelopatycznie mogą działać zarówno żywe rośliny jak i martwe ich szczątki rozprzestrzeniające się w wodzie, poza tym w środowisku wodnym, szczególnie w niewielkich zbiornikach występuje silna konkurencja o związki odżywcze, co dodatkowo może wywoływać błędne obserwacje.

Nie ulega wątpliwości, że tkanki roślin wodnych zawierają substancje allelopatyczne, nie wiadomo jednak nic o sposobie ich uwalniania, nie znamy też stopnia ich aktywności w roślinie i poza organizmem (Korner, Nicklisch, 2002).

O wiele lepiej zbadane są interakcje allelopatyczne roślin wyższych w stosunku do glonów, co jest tematem wielu badań w związku z próbą radzenia sobie z problemem eutrofizacji.

Badania wykazały, że gatunki takie jak Myriophyllum spicatum czy Ceratophyllum demersum, w warunkach dostępu nielimitowanego światła i związków odżywczych, wpływają niekorzystnie na fitoplankton w tym cyjanobakterie, hamując aktywność fotosystemu drugiego (PSII) i zaburzając w ten sposób jego wzrost (Korner, Nicklisch, 2002).